1：在线构建RAxML树 CIPRES Science Gateway V 3.3 ：https://www.phylo.org/portal2/home.action# 1. CIPRES网站 2. 上传数据，选择RAXML tools 2： 本地RAxML法 安装Linux版本RAxML $ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -…

文章目录 Graphlan可视化进化树GraPhlAn简介素颜vs美化 认识软件参数分支控制，一般不做控制组合命令控制注释阴影的半径一般全局参数节点基本参数节点对应的形状节点注释枝条参数环参数 进化树实战构建OTU丰度和物种文件说明准备需要展示的数据构建三列注释文件&…

文章目录 iTOL简介iTOL的基本使用流程：怎么样才算是一颗高颜值的进化树呢？ 制作注释文件Windows软件安装Linux软件安装准备输入文件生成注释文件注释文件美化方案1. 属名称多分类层级方案2. 丰度柱状图方案3. 热图方案4 猜你喜欢写在后面 本文“宏基因组…

在进行系统发育分析时需要通过构建系统发育树来描述不同物种之间的进化关系，通过同源DNA的核苷酸序列或者同源蛋白质分子的氨基酸序列可以实现构建进化树。在系统发育分析中，最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）是对替换模型非常敏感的两种算法，因此利用ML法或BI法重建系统发育…

本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的 分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度…

iTOL简介 大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个…

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用 phylomatic 软件生成的进化树 Phylomatic是在线软件，可以利用植物名录，按照APGIII的被子植物科的拓扑结构，生成进化树。 参考 张金龙博士 工作目录 setwd("E:\\my_research\\my_scripts\\植物转录组发育进化树") 安装 plantlist install.packages("E:/my_…