iTOL简介 大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个…

用 phylomatic 软件生成的进化树 Phylomatic是在线软件，可以利用植物名录，按照APGIII的被子植物科的拓扑结构，生成进化树。 参考 张金龙博士 工作目录 setwd("E:\\my_research\\my_scripts\\植物转录组发育进化树") 安装 plantlist install.packages("E:/my_…

iTOL简介 大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半…

我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN(LINUX)。 在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。 进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完…

上次已经介绍过了使用R绘制系统发育树的基本用法，也埋下一个小坑：复现文章里好看的树，现在过来填坑了，哈哈哈。 我准备了一些文章里自己觉得很不错的树（当然尽可能风格不同），然后自己生成随机的…

前言 生物技术近年发展越来迅猛，掌握一门生信语言或者一个生信软件的使用，这将为我们的科研学习之路提供非常大的便利。今天我们主要来介绍如何用MEGA7进行进化树。 1、下面以MEGA7为例来进行讲解，下面是下载地址，大家根据自己的…

文章目录 一、前言二、步骤1.建立物种txt文件2.NCBI网站转为.phy文件3.iTOL网站画图导出 三、总结 一、前言 当拥有一组物种名或Taxonomy ID后，如何用iTOL网站绘制简单的物种进化树？ 参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/443229461?utm_…

系统进化树的构建步骤和常用软件 系统发生树（phylogenetic tree 或 evolutionary tree）又名分子进化树，被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树，它用来表示系统发生研究的结果，是生物信息学中描述不同生物之间的相…