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群体结构分析:用 phylip 构建进化树
用 phylip 构N-J树
在 linux 系统,可以用 conda 安装 phylip 软件
1. 将 SNP 文件转换为 phylip 格式
用 tassel 的格式转换功能将 plink 格式转为 phylip 格式。 另外有一个脚本可以将 vcf 格式转换为 phylip ,vcf2phylip.py
run_pipeline.pl -Xmx5…
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2025/1/29 8:01:14
把clinvar转换为annovar的格式
下载最新的数据库:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/
annovar是注释用的比较多的软件,clinvar的数据库经常更新,要跟的上更新,就必须自己进行格式转换,也可以把自己的数据库放在annovar注释&#x…
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2025/1/29 4:41:37
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建站知识
2025/1/29 6:38:20
单倍型分析过程,旧+新,2.0版本(上)
开学时候做的东西,现在再添加的新的,经过一段时间的沉淀,我重新跑一遍,等会在完善一下文章吧。
参考文章:
科学网-PopART 绘制 Haplotype Network 图解(By Raindy)-高芳銮的博文 (sciencenet.cn)
学会DnaSP…
建站知识
2025/1/29 6:37:19