生物信息学系列博客索引 生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C实现 生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解 生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介 生…

原创：hxj7 前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。从本文开始，我们陆续学习前人开发出的流…

序列比对概念及相应工具的对比 0x01 概念和意义 在生物信息学研究中,最基本的部分是序列比对,而最基本的操作是比对,主要可分为双系列比对和多序列比对,辨别序列之间的差异,同时发现生物序列中的机构和功能信息,进而发现它们的相似性和同源性,比较多个生物序列相似性是由序列…

安装clustalw很简单，不提了。 找了几个蛋白序列进行比对，命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式 2、选择1 并输入文件名字 3、输入2， 进行多序列比对 4、如果要修改输入格式，则点9 5、若要输出格式为phylip，则点4，并关闭1 6、按下回车，后退 7、选择1进行比对…

一、流量比对提出背景 我们在进行代码重构以及需求迭代时，在上线之前需要进行一轮、二轮以及回归测试，如果业务场景比较复杂，那么就会存在以下几个方面的问题： （1）测试的周期就会相应的拉的比较长&#x…

文章目录 前言一、Scoreboard Implementation二、Scoreboard Transaction Source: Monitor三、Embed Monitor in Agent四、UVM Agent Example五、Using UVM Agent in Environment六、Scoreboard: Multi-Stream总结 前言 在运用UVM搭建验证环境的时候，有没有什么办法…

前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。以前，我都是经过PRANK软件进行多序列比对，然后再使用Gblocks软件对数据进行过滤的。现在，由…

生物信息学系列博客索引 生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C实现 生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解 生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介 生…